الهدف من إنشاء كلية الطب الأزهر إلى جانب حفظ ودراسة التراث العلمى للأمة الإسلامية والعمل على تجليته ونشره، تزويد الوطن العربى والإسلامى والإنسانية جمعاء بالأطباء العلماء الذين يجمعون إلى الإيمان بالعقيدة الإسلامية والثقة بالنفس وقوة الروح والتفقه فى الشريعة ولغة القرآن كفاية علمية وعملية ومهنية كمشاركة فى مجال الخدمات الصحية والبحوث الطبية داخل مصر وخارجها .